روش های گندزدایی آب بهطور کلی به دو دسته شیمیایی و فیزیکی تقسیم میشوند. در روش گندزدایی آب شیمیایی، از مواد شیمیایی مانند کلر، اوزون و دیاکسید کلر استفاده میشود که باکتریها و ویروسها را نابود میکنند. این روشها معمولاً ساده و اقتصادی هستند، اما ممکن است عوارض جانبی داشته باشند.
در مقابل، روش های ضدعفونی آب فیزیکی شامل فرایندهایی نظیر جوشاندن، تصفیه با UV و فیلتر کردن میباشد. این روشها به دلیل عدم استفاده از مواد شیمیایی، کمتر موجب بروز آلودگی ثانویه میشوند. بهطور کلی، انتخاب روش مناسب گندزدایی آب باید با توجه به نوع آلودگی موجود و شرایط محلی صورت گیرد.