محاسبه هزینه شیرین سازی آب دریا به عوامل متعددی وابسته است. یکی از مهم‌ترین فاکتورها نوع فناوری به‌کاررفته در فرآیند تصفیه است. روش‌های مختلفی مانند تقطیر حرارتی، اسمز معکوس و الکترودیالیز وجود دارند که هرکدام هزینه شیرین سازی آب دریا را به شکل متفاوتی تحت تأثیر قرار می‌دهند.
از سوی دیگر، مصرف انرژی به‌عنوان بخش عمده‌ای از این هزینه به شمار می‌آید. بسته به منبع انرژی و میزان نیاز به تصفیه، هزینه شیرین سازی آب دریا میتواند به طرز قابل توجهی افزایش یابد. علاوه بر این، شرایط جغرافیایی و کیفیت آب ورودی نیز نقش بسزایی در تعیین هزینه شیرین سازی آب دریا ایفا می‌کنند.
